Первый в России музей Н.И. Пирогова был открыт в Санкт-Петербурге 26 октября 1897 г. Учредителями музея стали его почитатели, объединившиеся в составе Русского хирургического общества Пирогова, чтобы увековечить память о «первом хирурге». К 100-летнему юбилею со дня его рождения (1910) в музее были собраны редкие и уникальные экспонаты. Большинство из них передано в музей близкими родственниками или друзьями Пирогова. Эта музейная коллекция положила начало собраниям экспонатов о жизни и деятельности других выдающихся российских хирургов, которые накапливались в первом музее Н.И. Пирогова. Здесь же собирались другие коллекции, в том числе хирургических инструментов и врачебных предметов разных времен, а также холодного и огнестрельного оружия. Они свидетельствовали, что мемориальный музей Н.И. Пирогова со временем мог превратиться в музей истории отечественной хирургии. Однако, этого не произошло. В начале тридцатых годов прошлого века правление Русского хирургического общества Пирогова утратило былые материальные возможности по содержанию пироговского музея, и передало его Военно-медицинской академии (ВМА) РККА, находившейся в Ленинграде, руководство которой заявляло о бережном отношении к имевшимся музейным коллекциям.

Вместе с тем, после передачи музея Н.И. Пирогова в состав академии он тут же утратил не только мемориальный характер, но и связь с отечественной хирургией, превратившись в так называемый «военно-санитарный музей ВМА РККА» в течение 1933-1935 гг.

В последующие довоенные годы военно-санитарный музей был расформирован, а его коллекции, являвшиеся гордостью пироговского музея, стали достоянием нескольких кафедр ВМА РККА, куда они были переданы для хранения. Чудом сохранились они в военное лихолетье, когда на время блокады Ленинграда преподаватели и слушатели академии были эвакуированы в Самарканд. Туда они смогли вывезти только то, что поместилось в заплечный мешок каждого из эвакуируемых (обычно это были учебники).

9 сентября 1947 г. состоялось открытие мемориального музея-усадьбы Н.И. Пирогова, созданного в селе Шереметка (в последующем — Пирогово) Винницкой области. Здесь в 1861-1881 гг. находилось имение «первого хирурга России», где он провел последние годы своей жизни. Однако, в мемориальный музей-усадьбу передано лишь несколько подлинных экспонатов из бывшего музея Н.И. Пирогова, в свое время находившегося в Санкт-Петербурге — Петрограде — Ленинграде. Большинство же из пироговских раритетов, экспонировавшихся в музее-усадьбе, было представлено в виде копий.

К началу пятидесятых годов прошлого века подлинные экспонаты из первичного пироговского фонда, сохранившиеся в Ленинграде, были представлены двумя собраниями. Одно из них к тому времени стало содержаться в Военно-медицинском музее, принадлежавшем министерству обороны, куда кафедры Военно-медицинской академии передали большую часть прежних музейных коллекций, имевших отношение к музею Н.И. Пирогова. Вместе с тем, другая часть того же фонда продолжала храниться на некоторых академических кафедрах, в особенности на кафедре оперативной хирургии и топографической анатомии, а также в фундаментальной библиотеке академии.

В наши дни музей-усадьба Н.И. Пирогова находится на территории Украины, ставшей суверенным государством. Поэтому в России одним мемориальным музеем стало меньше. Так продолжалось до тех пор, пока в 2003 г. в Москве не был образован Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова. Тогда же в состав Пироговского центра был включен и музей Н.И. Пирогова, ставший одним из его подразделений.

Первая очередь музея Н.И. Пирогова в составе Национального медико-хирургического центра была открыта для посетителей 13 ноября 2005 г. или к 195-ой годовщине со дня рождения «первого хирурга России». Экспозицию первой очереди можно видеть в пироговском зале, развернутом на втором этаже первого клинического корпуса по адресу: 105203, г. Москва, ул. Нижняя Первомайская, дом 70, стр. 1.

Здесь наглядно представлены основные этапы жизни и деятельности Н.И. Пирогова, в том числе:

  • Детские и юношеские годы, включая учебу на медицинском факультете Московского университета
  • Период усовершенствования по хирургии на медицинском факультете Дерптского университета, защиты диссертации на соискание ученой степени доктора медицины и стажировки в ведущих хирургических клиниках Европы
  • Учебная, научная и практическая деятельность в качестве профессора хирургической кафедры и клиники сначала на медицинском факультете Дерптского университета, а затем и в Императорской Военно-медицинской академии в Санкт-Петербурге
  • Самоотверженная хирургическая работа и общественная деятельность во время героической обороны Севастополя в 1854-1855 гг.
  • Педагогическая деятельность на посту попечителя Одесского и Киевского учебных округов, а также руководство подготовкой будущих профессоров российских университетов, учившихся в ведущих вузах Европы
  • Празднование в Москве полувекового юбилея врачебной и научной деятельности «первого хирурга России»
  • Последние месяцы жизни
  • Увековечение памяти

Кроме того, отдельные разделы экспозиции первой очереди посвящены личному вкладу Н.И. Пирогова в развитие нормальной и топографической анатомии, клинической и военно-полевой хирургии, анестезиологии, а также других научных и учебных дисциплин.

В экспозиции музея Н.И. Пирогова нашел отражение и вклад ученых Пироговского центра, внесенный в последнее время в дело увековечения памяти «первого хирурга России». Здесь представлены: актовая речь, научная монография и короткометражный документальный фильм, посвященные 195-ой годовщине со дня рождения Н.И. Пирогова, а также первые кавалеры Европейского ордена Пирогова, учрежденного Пироговским центром совместно с Европейской академией естественных наук.