За выдающиеся достижения в научной, лечебной, педагогической, организаторской и просветительской деятельности, многолетнюю плодотворную работу в структурах управления Российской академией естественных наук (РАЕН), создание и эффективное руководство отделением «Фундаментальной медицины РАЕН» в Пироговском Центре, президент и основатель НМХЦ им. Н.И. Пирогова, академик РАН Ю.Л. Шевченко награжден почетным знаком «Звезда академии» I степени, учрежденным Российской академией естественных наук.